Se, infatti, la più seguita procedura di inventariazione, e cioè la rassegna topografica stanza per stanza, si intreccia a volte, inopportunamente e non sempre per motivi chiari, con la registrazione degli oggetti per categorie merceologiche, essa può complicarsi ulteriormente per la genericità delle definizioni degli ambienti stessi e per ritorni, a volte, nel percorso topografico, nelle stanze già esaminate, definite ogni volta in modo diverso. E non solo. La stessa classificazione per tipologia di oggetti non sempre è coerentemente sviluppata e ogni ferrea definizione merceologica può facilmente sfumare in un inaspettato bailamme di oggetti.
Un'errata fascicolazione dei fogli può produrre, inoltre, un documento senza capo né coda. In questo caso la logica dell'abitazione potrebbe ancora essere ricostruita. Risulta definitivamente perduta, invece, quando il documento è copiato da un originale mal fascicolato, essendo irrecuperabili le originarie soluzioni di continuità.

Nella consapevolezza che quei documenti avrebbero potuto offrire altre opportunità oltre a quelle immediatamente valutabili, si è voluto assicurare la possibilità di eventuali future ricerche attraverso la riproposizione in un campo "fonte" dei testi integrali per quegli inventari che, condotti topograficamente, permettono uno studio della collocazione degli oggetti. Qualche taglio in questi casi, segnalato con un "omissis", ha riguardato elenchi di oggetti d'uso, essenzialmente biancheria. Sono state invece estratte le sole liste di dipinti e sculture dagli inventari suddivisi per categorie di oggetti. In ogni caso, sono stati espunti, ma segnalati, gli elenchi di libri che richiedevano, per la decifrazione del testo, competenze adatte e, per un'adeguata archiviazione, schede informatiche differenti.

Data la mole dei lotti elencati e l'infima qualità della gran parte di essi, gli oggetti di uso comune, le proprietà e i valori sono stati trascritti nel campo "fonte" per gruppi eterogenei, mentre è stato selezionato per l'informatizzazione singola solo ciò che effettivamente interessava la ricerca: i dipinti, i disegni e le sole sculture delle quali veniva dichiarato l'autore. Per queste categorie di oggetti, classificate come "pittura", "grafica" e "scultura", è stata impostata una serie di campi atti a contenere le chiavi per la ricerca e per l'ordinamento degli indici, la normalizzazione, cioè, dell'oggetto, del nome dell'autore e del soggetto iconografico. Altri campi sono predisposti per la registrazione di frammenti estratti dal testo originale: dei nomi degli artisti, per la creazione di indici comparativi, e delle descrizioni dei soggetti che il sistema ripropone nella selezione per autore e per soggetto. Allocati nella seconda parte della scheda, alcuni campi possono contenere i risultati normalizzati di un'eventuale indagine sull'oggetto: la bibliografia, i riferimenti ad altri proprietari dell'oggetto o la sua collocazione attuale.

Lo sforzo per il superamento dell'ambiguità del testo -di cui abbiamo un chiara dimostrazione nella notevole rassegna degli oggetti del museo De Rossi- è percepibile nell'adozione, accanto a termini più specifici ("Orologi", "Specchi", "Studioli", ecc.), di voci che indicano due o più campi contigui ("Medaglie e monete", "Reliquiari e reliquie" ecc.) che la fonte non permette spesso di distinguere, o che rimandano ad un ambito più allargato ("Mobili", "Devozionali", "Oggetti esotici e curiosità" ecc.), fino al più generico "Oggetti vari", che vuole segnalare la presenza nella scheda di una minutaglia di oggetti non considerati in altro modo. La stessa cosa occorre nell'ambito della scultura, dove, accanto a voci particolari quali "Busti", "Teste", "Statue" ecc., si è resa necessaria anche l'indicazione "Sculture diverse".

Nei casi equivocabili o in presenza di pittori sconosciuti si è risolto di riproporre il nome così come formulato nel documento con, accanto, fra parentesi quadre, la dicitura "non identificabile" o la proposta di un nome seguito dal punto interrogativo. Le citazioni di soli cognomi di famiglie di pittori sono state completate con il nome solo in pochissimi ed evidenti casi di opere conosciute (es.: il "Mangiafagioli" di Annibale e il "Germanico" di Poussin).
È ovvio il non intervento in presenza di evidenti copie o repliche non segnalate come tali, di casi di attribuzioni errate, stravaganti e di collaborazioni improbabili o anacronistiche evidentemente suggerite da un esame stilistico.

Accanto ai molti dipinti anonimi e alle attribuzioni sommarie, se le paternità importanti e suggestive sembrano a volte riecheggiare l'orgoglio del collezionista o chissà quali altre poco nobili ragioni (testimoniando, comunque, la grande importanza data all'autore) sono certamente frutto di analisi stilistica alcuni commenti riportati o prodotti dai redattori, come ad esempio: l'individuazione di scuole locali, maniere e botteghe; il riconoscimento di interventi diversi, collaborazioni o restauri; l'attribuzione dubitativa o indecisa fra più nomi; la scoperta dell'identità dell'inventore e di colui che copia.
Anche se a volte compromesse da pregiudizi o ingenuità, tali analisi descrivono un percorso critico di cui un'indagine diacronica, estesa anche alle valutazioni economiche potrebbe evidenziare le caratteristiche, i progressi e le trasformazioni nel secolo.

Il risultato che si è venuto progressivamente configurando dalla comparazione e sistemazione di più di otto mila descrizioni è un soggettario la cui struttura ad albero, che si evolve, per ogni classe, verso definizioni sempre più circoscritte, è espandibile, se necessario, nel corso del lavoro di archiviazione, permettendo di produrre nuove classi e sottoclassi per accogliere eventuali nuovi soggetti.

Data la premessa classificatoria è chiara la precedenza data alle storie tratte dalla Mitologia dalla Storia, dalla Letteratura e dalla Bibbia, cui fanno seguito, ordinati nella categoria "Sacre e devozionali immagini", tutti quei "quadri di devotione" e quegli argomenti sacri non riconducibili a storie vetero e neo-testamentarie, non senza qualche difficoltà, in assenza di descrizioni esaurienti, a discernere la reale origine del soggetto quando questo è composto da figure bibliche.
Sotto la voce "Traslati" hanno trovato posto le allegorie, le personificazioni e i simboli non rappresentati con le vesti del fatto storico, della favola o della natura morta, comprovati dalle dichiarazioni dei redattori con locuzioni quali "...che finge...", "...che rappresenta..." o distintamente deducibili dalle descrizioni.

Segue il ritratto, ad iniziare da quello aulico, secondo un ordinamento che antepone i personaggi illustri, divisi per sfere sociali di appartenenza, a quelli meno illustri, dei quali si conoscono il nome, il titolo nobiliare o le competenze, fino ai ritratti di anonimi e alle descrizioni sommarie.

Un ampio settore distinto col titolo "Uomo e società", raccoglie tutti quei soggetti che illustrano episodi di vita sociale, suddivisi in diverse sottoclassi, ad iniziare dagli eventi pubblici, quali cerimonie, cavalcate, battaglie, festeggiamenti ecc., fino alla rassegna della vita quotidiana, dei mestieri, della vita familiare e della vita di strada.

Gli aspetti naturali, paesaggi, vedute e marine, sono stati raccolti nel grande contenitore "Natura", così come la categoria "natura morta", al cui interno mantengono le loro differenti valenze i fiori, i frutti, gli oggetti.

Il settore "Figure e teste non identificabili", è dedicato a tutte quelle composizioni di figure o teste descritte sommariamente, di cui non è possibile identificare la classe di appartenenza, il cui ordinamento, quindi, è stato eseguito sulla base delle indicazioni più frequenti e oggettive fornite dal redattore: figura singola o composizione con più figure, figura intera o meno, sesso, età.

I circa trecento quadri la cui descrizione è, invece, del tutto assente o, ma è caso raro, indecifrabile, sono stati riuniti in calce all'indice. A questo nutrito insieme fanno seguito le descrizioni delle sculture di cui, nel documento, è stato dichiarato l'autore e quindi non confondibili con oggetti solamente ornamentali.